Сделавшись ректором казанской духовной академии, архимандрит Никанор опять очутился в той же ученой атмосфере, с которою сроднился было в Петербурге и которая столь возбуждающим образом действовала там на его ученое трудолюбие и производительность. Здесь он встретил также знакомые условия жизни высшего учебного заведения, но только в более благоприятный для себя, как начальника и руководителя, виде; здесь он получил в свое распоряжение учено-литературный академический орган, которым должен был руководить; здесь к его услугам была огромная специально-богословская и историко-археологическая библиотека и замечательное собрание древних славяно-русских рукописей; здесь наконец была для него кафедра, обязывавшая и побуждавшая его к ученой разработке преподаваемого предмета. И действительно, в течение своего трехлетнего ректорства в академии, он успел заявить себя весьма значительным количеством ученых работ, напечатанных в Православном Собеседнике. По характеру своему эти работы были как бы продолжением тех. которые предприняты были им в С.-Петербурге. По крайней мере главные темы были те же самые. Прежде всего он написал большую дополнительную главу к своему большому сочинению о римском католичестве под заглавием: "Разбор римского учения о главенстве папы на основе сочинений св. Афанасия Великого" и с присоединением ее переиздал все сочинение. Затем он принялся за детальное исследование вопроса о перстосложении против раскольников, которым занимался еще будучи в Петербурге. Академическая библиотека дала ему новые прекрасные материалы. Результатом этих исследований были статьи: 1) “0 перстосложении для крестного знамения и благословения в обличение неправды мнимых старообрядцев”. 2) “описание иконописных перстосложений для крестного знамения и благословения, изображенных в Псалтири - рукописи XVI в., принадлежащей библиотеке казанской духовной академии”. 3) “Вопрос о перстосложении для крестного знамения и благословения по некоторым ново-исследованным источникам. 4) “Цареградская церковь св. Софии - свидетельница древне-православного перстосложения. Кроме того, занятый преподаванием основного богословия, он должен был возвратиться к самым первоначальным темам своих академических занятий в Петербурге - к вопросам о положительных основах христианской религии, к доказательствам бытия Бога и вообще всего сверхчувственного. Результатом была статья: “Можно ли позитивным философским методом доказывать бытие чего либо сверхчувственного - Бога, духовности, и бессмертия души?” Статья эта послужила началом его последующих специальных исследований по части гносеологии в связи с вопросами основного богословия. Здесь же в Казани начал развертываться и проповеднический талант преосвященного Никанора, впоследствии доставивший ему такую громкую популярность.
Его литературная продуктивность за это время, по-видимому, даже увеличилась. 0н издал за это время три большие тома философско-богословского сочинения, под заглавием : "Позитивная философия и сверхчувственное бытие", пять томов своих бесед и поучений (посмертное издание 1891 г.), "Беседу о том, есть ли что еретическое в латинской церкви?" Беседу “0 перстосложении для крестного знамения и благословения” и некоторые другие.
Проповеди преосвященного Никанора касаются различных предметов веры и жизни. И, при разнообразии предметов, обилии содержания, поучения отличаются живостью и картинностью изложения. Вот, например, как ведет речь о священниках нового, модного направления: “Вот юноша пастырь сел в добрую телегу жизни, да и покатил от своих овец, покатил по большой, исправленной, но утоптанной, по загаженной, но уезженной, по широкой, по покатой дороге. По-видимому и прихожане догадываются, что как-то неладно делается с нашим отцом духовным: кажись, он катит чуть ли не прямо во дно адово… Вот завелось теперь, что у него и вид для прохожих чуждый, воротнички вот, стриженные волоса, в зубах известное, ненавистное народу в священнике, а под час и в руках - развлечение”. Не нужно упускать из виду, что архипастырь обращал свое слово большей частью к людям образованным; поэтому и говорил, как пастырь глубоко ученный, к людям, которые могли понимать его.